会议期间，各成员国卫生部门领导人在遵循上海合作组织章程、上海合作组织政府间卫生协议、以及世界卫生组织和上海组织成员国间所签署的其他相关文件的基础上，在友好和谐的氛围下探讨加强本地区在保障居民健康安全领域的多边合作问题及其发展前景。 各方同意，随着成员国间一体化进程的不断加强，需要通过综合协调采取联合行动以保障居民健康安全：继续推进上合组织成员国卫生体制改革，将保证居民健康安全作为总体目标；在上合组织成员国境内积极开展打击医药产品掺假行为领域的合作；进行基本药物清单制定领域经验交流以保障基本医疗救助；进行卫生领域国家立法信息交流；加强医疗产品实验室监控机构间的经验交流；通过开展科技研讨会，论坛等形式进行先进经验、方法的交流。
会后签署了会议纪要，在已批准的联合声明中各方制定了保障居民健康安全领域的下一步工作计划。上合组织第三次卫生部长会议的具体时间、地点将另行商定。