根据《哈萨克斯坦共和国劳动法典》第64条，员工违反劳动纪律时，雇主可以采取以下纪律处分措施：
警告；
记过；
严重记过；
在《劳动法典》规定的情形下解除劳动合同。
法律明确禁止采用《劳动法典》及其他法律未规定的纪律处分措施。
例如，员工上班迟到20分钟，雇主不能自行决定罚款1万坚戈，并直接从其工资中扣除。但如果存在合法依据，雇主可以按照规定程序实施相应的纪律处分。
劳动部强调，纪律处分并非由雇主随意决定。在作出处分前，雇主必须要求员工提交书面说明，并根据违规行为的性质、严重程度及具体情节确定处分措施。
与此同时，违法罚款与依法扣除工资属于不同的法律概念。
根据《劳动法典》第115条，法律对可以从员工工资中扣除款项的情形作出了明确规定。在部分其他情况下，扣款还必须取得员工的书面同意。
因此，雇主不得以罚款代替法定纪律处分，也不得擅自从员工工资中扣除所谓的违规罚款。
劳动和社会保障部提醒，遵守劳动法律是雇主和员工共同的义务。对于违反劳动纪律的行为，雇主只能采取法律允许的处分措施，并严格遵守相关程序。