该保护区始建于1976年8月4日，设立初衷是为了保护南阿尔泰山脉这一独特的自然复合生态系统。2026年，马尔卡阔勒国家自然保护区将迎来成立50周年。保护区的核心职能包括：保护自然生态系统完整性、开展动植物资源科学研究与基因库保存工作，以及对马尔卡阔勒湖生态环境和渔业资源进行持续系统的科研监测。
保护区重点保护对象包括拥有独特鱼类群落结构的马尔卡阔勒湖、高山针叶林及高山地貌景观，以及种类极为丰富的动植物资源。目前，该保护区总面积达102,971公顷，覆盖马尔卡阔勒盆地约87%的区域。
马尔卡阔勒湖海拔约1449米，全长38公里，水域面积约455平方公里。湖水主要由周边众多山间溪流与泉水补给，而哈勒哲尔河是该湖唯一的出水通道。
马尔卡阔勒盆地气候具有典型的大陆性特征。冬季漫长多雪，气温最低可降至零下45摄氏度；夏季则短暂而凉爽。受这一气候条件影响，该地区被认为是哈萨克斯坦境内最寒冷的区域之一。
保护区植物种类较为丰富，共记录高等植物约710种，其中包括多种被列入哈萨克斯坦红皮书的珍稀和特有物种，如西伯利亚猪牙花、阿尔泰大黄以及红景天等。
保护区动物资源同样十分丰富，涵盖300余种脊椎动物。这里是马鹿、驼鹿、棕熊、猞猁和紫貂等典型泰加林动物的重要栖息地，同时也是雪豹、金雕、白尾海雕、鹗以及黑鹳等珍稀物种的活动区域。
五十年来，马尔卡阔勒国家自然保护区已发展成为南阿尔泰山地区生物多样性保护与科研的重要基地。如今，它在守护哈萨克斯坦最具代表性与独特性的自然景观、并将其持续传承给后代方面，发挥着不可替代的重要作用。