尤为令人关注的是，被列入国际自然保护联盟名录及哈萨克斯坦红皮书的珍稀物种——“明氏旱獭”的生存环境一度陷入危机。这一物种仅分布于巴达姆河、欧盖姆河、卡斯卡苏河、赛兰苏河及萨热阿依格尔河流域的特定山地范围内。同时，该区域内的刺柏群落及野生果林资源也呈现出持续缩减的趋势。
为扭转生态恶化局面，2001年至2005年期间，在世界银行及全球环境基金的支持下，哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦与吉尔吉斯斯坦联合实施跨境生物多样性保护项目。通过多轮系统性的植物学与动物学调查，专家进一步确认了该地区生态状况的严峻性，并明确提出建立国家级保护区的紧迫需求。
基于上述背景，哈萨克斯坦共和国政府于2006年1月26日发布第52号政府令，将原欧盖姆、托列比及图勒克巴斯林业机构整合重组，正式设立赛兰-欧盖姆国家自然公园，总面积达149,053公顷。2014年，部分区域划归国家边防部门管理后，公园现实际管辖面积为149,037.1公顷。
公园目前下设三个管理分部：位于卡兹古尔特县的欧盖姆分部（76,573公顷）、托列比县的托列比分部（45,493.1公顷），以及图勒克巴斯县的图勒克巴斯分部（26,971公顷）。为实现精细化管理，园区整体划分为四类功能区：核心保护区、生态修复区、旅游与休闲区以及有限经济活动区。
赛兰-欧盖姆国家自然公园的地理地貌特征如下：
地质结构：西天山地区以石炭纪与泥盆纪岩石为主，常见石灰岩、凝灰岩、页岩及砂岩等岩性组合。欧盖姆山脉区域则广泛分布石炭纪岩层、花岗岩及花岗闪长岩，构成了典型的高山台地地貌。在河谷两侧陡峭岸坡上，还可见古近纪与新近纪沉积残余，红色与白色黏土及砂质层交错分布，对区域土壤形成与植被演替产生深远影响。此外，园区内发育有复杂的地壳断裂体系，对整体地形塑造起到关键作用。
地貌形态：公园位于西天山塔拉斯阿拉套山脉南翼支系，涵盖欧盖姆、卡尔詹套、卡兹古尔特及博拉尔岱等主要山系。
欧盖姆山脉：最高点为赛兰峰（4238米）。山脉南坡坡度陡峭、地形破碎，深切峡谷与溶洞广泛发育，是其显著地貌特征。
卡尔詹套山脉：作为欧盖姆河与凯勒斯河之间的天然分界山脉，东南部直抵欧盖姆河谷，受强烈侵蚀作用影响，形成多级阶梯状峡谷地貌。
卡拉套山脉：自恰克帕克山口向西北延伸约420公里，整体分为东南卡拉套、中央卡拉套及西北卡拉套三段。山体整体起伏较大，最高点为海拔1813.9米的博凯套峰。
赛兰-欧盖姆国家自然公园不仅是西天山地区重要的生态屏障，也已成为哈萨克斯坦生物多样性保护与科学研究的重要基地之一。