该公园成立于1985年，属于具有共和国级重要意义的特别保护自然区域，主要任务是开展科学研究与自然保护工作。其核心使命在于维护生物多样性与景观多样性，并依托具有独特生态、科学、历史文化及休闲价值的自然综合体及国家自然储备基金对象，开展生态教育、科研、旅游与休闲活动。
公园总面积为68,452.8公顷。巴彦阿吾勒山脉位于哈萨克斯坦低丘地带，形成于古生代晚期。经过长期地质演化，其海拔高度维持在海平面以上400至1027米之间。
公园以湖泊景观著称。萨本德阔勒湖、贾斯拜湖、托莱格尔湖和毕尔詹湖四座湖泊被森林环抱，呈现出独特的岩石地貌与丰富的植被景观。贾斯拜湖名称源自纪念在抗敌战斗中牺牲的贾斯拜巴图尔（民族英雄）；萨本德阔勒湖则因湖水柔滑如肥皂般而得名；托莱格尔湖与出生于此地的著名诗人托莱格洛夫密切相关。公园内最高点为阿克别特山，其名称源于一则传说——相传一位名为阿克别特的姑娘为逃避包办婚姻在此跳崖。
巴彦阿吾勒国家公园不仅是自然遗产的守护地，也是重要的文化旅游目的地。游客可在此参观肯佩尔塔斯与阔戈尔申岩石、括阔恩尔—奥勒耶洞、植物步道、肯阿兰峡谷以及著名的“游客铭文”岩石。此外，贾斯拜巴图尔麻扎、托莱格洛夫之墓及玛什胡尔·朱苏普·阔佩耶夫陵墓等历史文化遗产也具有较高参观价值。对登山爱好者而言，纳亦扎塔斯山、英雄峰以及公园最高峰阿克别特山同样极具吸引力。
巴彦阿吾勒国家自然公园内分布有552种植物，其中5种被列入《哈萨克斯坦共和国红皮书》，包括春侧金盏花、白头翁、郁金香、黑桤木和针茅。植被中约有50种药用植物、40种观赏植物和30种食用植物。公园自然植被由草原与森林群落构成。在山谷地带，分布有灌木、羊茅、红针茅及锦鸡儿—百里香草原；在上层生物气候带，森林以松林为主，夹杂少量刺柏及覆盆子灌木丛；在下层区域，则为松树与白桦、山杨混交林，灌木层分布有蔷薇、小叶忍冬及黑果锦鸡儿。林地面积约占公园总面积的40%。
公园动物群包括45种哺乳动物，其中被列入《哈萨克斯坦共和国红皮书》的盘羊尤为珍贵。两栖类与爬行类共9种。鸟类多达205种，其中11种为红皮书保护物种，包括金雕、乌雕、草原雕、猎隼、雕鸮、白枕鹤、大黑背鸥、黑鹳、大天鹅、灰鹤及卷羽鹈鹕。鱼类以鲤科为主，共13种。此外，还记录有87种昆虫和10种水生软体动物，其中不乏珍稀保护物种。
目前，生态旅游已成为巴彦阿吾勒国家自然公园发展的重点方向，在有效平衡自然保护与休闲开发的同时推进可持续发展。游客在观赏生物多样性、独特地貌与文化遗产的同时，也能深入感受该地区厚重的历史积淀。